A Presidência – órgão de direção superior, responsável pela gestão da FUNAP-DF, sendo auxiliada pela Diretoria Executiva e por unidades orgânicas cujo número e competências estão definidos em Regimento próprio. As atribuições do Presidente estão previstas no art. 12 do Estatuto e no art. 23 do Regimento Interno, respectivamente:

Decreto n° 10.144, de 19 de fevereiro de 1987
(…)
Art. 12 – A Presidência da Fundação de Amparo ao Trabalhador Preso do Distrito Federal – FUNAP-DF será exercida pelo Secretário de Estado de Justiça, Direitos Humanos e Cidadania do Distrito Federal, cabendo-lhe o desempenho das seguintes atribuições, além das fixadas em Regimento: (Artigo alterado(a) pelo(a) Decreto 27990 de 29/05/2007)

I – representar a FUNAP-DF, ativa e passivamente, em juízo ou fora dele, podendo constituir procuradores;
II – firmar acordos, contratos e convênios com entidades públicas ou privadas e com pessoas físicas, ouvido o Conselho Deliberativo;
III – supervisionar a execução das atividades específicas de administração geral da FUNAP-DF;
IV – cumprir e fazer cumprir as Resoluções emanadas dos Conselhos Deliberativo e Fiscal;
V – submeter à apreciação do Governador do Distrito Federal os assuntos que devam ser aprovados por aquela autoridade;
VI – atender às solicitações dos órgãos que tenham competência para exercer controle sobre a FUNAP-DF;
VII – autorizar a realização de despesas;
VIII – submeter à aprovação do Conselho Deliberativo as normas complementares necessárias à administração e ao funcionamento da FUNAP-DF;
IX – submeter à aprovação do Conselho Deliberativo alterações estatutárias e regimentais que se fizerem necessárias, bem como outros assuntos de sua competência;
X – convocar os Conselhos Deliberativo e Fiscal, para apreciação de assuntos urgentes;
XI – requisitar pessoal necessário ao desenvolvimento das atividades da FUNAP-DF, ouvido o Conselho Deliberativo;
XII – homologar os resultados de concursos públicos externos e internos, destinados ao recrutamento e seleção de pessoal para a FUNAP-DF;
XIII – contratar, designar, demitir ou dispensar emprega dos da FUNAP-DF.
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Regimento Interno
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Art. 23 – Ao Presidente, além das atribuições constantes do Estatuto da Fundação, cabe o desempenho das seguintes atribuições:

I – supervisionar as atividades da Fundação;
II – despachar com o Diretor Executivo;
III – submeter ao Conselho Deliberativo o relatório anual das atividades financeiras da Fundação;
IV – encaminhar ao Tribunal de Contas do Distrito Federal, no prazo estabelecido, a Prestação de Contas da Fundação;
V – apresentar, anualmente, ao Conselho Deliberativo, o plano real de trabalho e a proposta orçamentária para o exercício imediato;
VI – realizar reuniões periódicas com o Diretor Executivo e Diretor Adjunto;
VII – assinar atos administrativos e financeiros;
VIII – dar posse aos Diretores;
IX – homologar o resultado das licitações.
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O Conselho Deliberativo- órgão superior de deliberação coletiva, é composto de até 07 (sete) membros, integrando-o, a Secretária de Estado de Justiça e Cidadania como Presidente nato, e o Secretário de Administração Penitenciária do DF. Os demais membros são designados pelo Governador do Distrito Federal, mediante indicação do Presidente da FUNAP-DF. As competências do Conselho Deliberativo estão elencadas no art. 17 do Estatuto da FUNAP e possui organização e funcionamento previstos em Regimento próprio: a) aprovar o Programa de Trabalho e a proposta Orçamentária da FUNAP-DF, bem como suas eventuais alterações; b) deliberar sobre proposta de alteração do Estatuto; c) deliberar sobre o Regimento da FUNAP-DF e eventuais alterações; d) deliberar sobre as diretrizes de atuação da FUNAP-DF; e) aprovar contratos e convênios com entidades públicas ou privadas e com pessoas físicas, a serem celebrados pela Presidência; f) estabelecer a política de preços dos produtos comercializados pela FUNAP-DF; g) aprovar a criação de fundos de reservas especiais, bem como suas aplicações; h) deliberar sobre proposta de extinção da FUNAP-DF; i) deliberar sobre quaisquer outros assuntos que lhe forem encaminhados pelo Presidente da FUNAP-DF e resolver os casos omissos no presente Estatuto; II – em relação ao pessoal da FUNAP-DF: a) aprovar as Tabelas de Empregos Permanentes e de Empregos em Comissão da FUNAP-DF, de acordo com a legislação em vigor; b) aprovar as normas de administração de pessoal da FUNAP-DF, de acordo com a orientação do órgão sistêmico central; c) deliberar sobre outros atos de administração de pessoal nos termos da legislação vigente; III – em relação ao controle de gestão: a) aprovar os relatórios anuais das atividades da FUNAP-DF; b) aprovar os balanços, balancetes, relatórios e respectivos demonstrativos que a ele devam ser submetidos pelo Presidente da FUNAP-DF, com o parecer do Conselho Fiscal; c) decidir sobre a aceitação de doações, legados, auxílios, contribuições e subvenções destinados à FUNAP-DF; d) homologar o julgamento das concorrências procedidas pela FUNAP-DF; e) autorizar o Presidente da FUNAP-DF a adquirir, alienar, onerar, permutar e locar bens móveis, imóveis e semoventes, nos termos da legislação específica; f) autorizar o Presidente da FUNAP-DF a doar bens móveis e semoventes inservíveis, obsoletos e/ou antieconômicos, observadas a legislação específica; g) autorizar operações a serem efetuadas com instituições financeiras; h) aprovar normas complementares necessárias ao funcionamento da FUNAP-DF; i) julgar os recursos interpostos contra atos do Presidente da FUNAP-DF;

O Conselho Fiscal- responsável pela fiscalização dos atos e fatos administrativos da FUNAP/DF, relacionados com as atividades econômicas, financeiras e contábeis, compõe-se de 03 (três) membros efetivos e igual número de suplentes. Suas competências estão previstas no art. 22 do Estatuto da FUNAP. O Regimento Interno do Conselho Fiscal foi aprovado através da Resolução nº 002/88, datada de 11 de maio de 1988.

A Diretoria Executiva – órgão de coordenação e execução das atividades da FUNAP/DF, diretamente subordinada ao Presidente. O Diretor Executivo é designado pelo Governador do Distrito Federal, mediante indicação do Presidente da FUNAP/DF. Suas atribuições estão previstas no art. 24 do Estatuto, e também art. 24 do Regimento Interno.

A FUNAP /DF é composta em sua estrutura organizacional de três diretorias adjuntas, a saber:

·Diretoria Adjunta para Assuntos Administrativos e Financeiros – DIRAFI. As competências do Diretor Adjunto para Assuntos Administrativos e Financeiros estão previstas no art. 25 do Regimento Interno: ao Diretor Adjunto para Assuntos Administrativo e Financeiro, diretamente subordinado ao Diretor Executivo, cabe o desempenho das seguintes atribuições: despachar com o Diretor Executivo; requisitar talões de cheques e endossar aqueles destinados a depósitos em estabelecimentos bancários em conjunto com o Diretor Executivo; submeter à Diretoria Executiva proposta para alienação de material inservível ou obsoleto no âmbito da Fundação; assinar com o Diretor Executivo cheques e autorizações de pagamento; autorizar despesas dentro do seu limite, de acordo com as normas vigentes; baixar ordens de serviços dentro de sua área de competência; assinar o expediente de sua Diretoria e o que lhe for atribuído por delegação; propor ao Diretor Executivo o preenchimento de emprego em comissão e admissão de pessoal, bem como elogios, penalidades e demissões de servidores de sua subordinação; zelar pela ordem e regularidade, bem como disciplinar os trabalhos sob sua direção; responder perante a Diretoria Executiva, pela execução das atividades de sua Diretoria; propor a instauração de sindicância inquérito destinado a apuração de irregularidades encontradas no âmbito da respectiva Diretoria; autorizara movimentação de pessoal no âmbito da Fundação; efetivar a transferência de dotações orçamentárias de acordo com a Resolução do Conselho Deliberativo; dar posse aos demais servidores; desempenhar outras atribuições que lhe forem cometidas.

·Diretoria Adjunta para Assuntos de Produção e Comercialização – DIRCOP. As competências do Diretor Adjunto para Assuntos de Produção e Comercialização estão previstas no art. 26 do Regimento Interno: despachar com o Diretor Executivo; dirigir, coordenar e controlar as atividades relativas à assuntos de produção e comercialização;  propor tabelas de remuneração do trabalhador preso; cumprir e fazer cumprir normas e determinações superiores; fixar as metas da produção e comercialização; propor a política de preço, em função da qualidade e demanda do mercado; elaborar promoção de venda; coordenar treinamento e aperfeiçoamento de pessoal de sua área; desempenhar outras atividades que lhe forem cometidas.

·Diretoria Adjunta para Assuntos Sociais e Profissionais – DIRASP. As competências do Diretor Adjunto para Assuntos Social e Educacional estão previstas no art. 27 do Regimento Interno: despachar com o Diretor Executivo; planejar e coordenar toda a atividade social e educacional da Fundação; manter contato com entidades assistenciais que possam contribuir para o bom andamento da Fundação; dirigir, coordenar e controlar as atividades relativas à Assistência ao Trabalhador Preso; manter contrato com instituições visando melhor aproveitamento do egresso; cumprir e fazer cumprir as normas e determinações superiores; desempenhar outras atividades que lhe forem cometidas.

A FUNAP/DF é composta ainda de Assessoria Especial; Assessoria Jurídico Legislativa e de Assessoria de Comunicação, todas subordinadas diretamente a Diretoria Executiva.
Por força do § único do art. 12 do Estatuto, ao longo da existência da FUNAP/DF, foram delegadas competências do Presidente ao Diretor Executivo.